Заранее извиняюсь за глупый вопрос. Здраствуйте. недавно установил этот портал.
Всю обшарил, но как добавлять ссылки(на модули и другие сайты) в главное меню так и не понял. Помогите пожалуйста. буду очень признаиелен.

В Главное меню??? Хммм... Там ссылка должна автоматически добавляться при добавлении нового модуля. Если этого не произошло, то смотри в администрирование - группы
Там для каждой группы есть список того, что он может видеть, а что - нет.
А ссылки на другие сайты там не предусмотрено устанавливать, если сильно хочется - придётся в коде ковыряться.