После копирования в дир с хупсом портал перестает работать совсем, сообщая:

Warning: Failed opening '/usr/home/xoops/public_html/include/common.php' for inclusion (include_path='.:/usr/local/lib/php') in /usr/home/xoops/public_html/mainfile.php on line 72

Fatal error: Failed opening required '/usr/home/xoops/public_html/kernel/object.php' (include_path='.:/usr/local/lib/php') in /usr/home/xoops/public_html/class/xoopsblock.php on line 32

Что за вилы?

ты криво скопировал - неправильно. он говорит что не может найти нужных файлов.